Năm 2005 Thủ tướng Chính phủ phê duyệt đề án “Đổi mới giáo dục đại học Việt Nam” (nghị quyết số 14/2005/NQ-CP ngày 02/11/2005). Với chiến lược dài 15 năm (2006 - 2020), mục tiêu của đề án là đưa giáo dục đại học Việt Nam đạt trình độ tiên tiến trong khu vực và tiếp cận trình độ tiên tiến trên thế giới.

Từ năm 2006- 2014, ĐHQG-HCM đã tuyển sinh và triển khai đào tạo chương trình đào tạo tiên tiến với các ngành: Công nghệ Thông tin (trường ĐH KHTN) tuyển sinh từ năm 2006, Điện – Điện tử, chuyên ngành Hệ thống năng lượng (trường ĐHBK) tuyển sinh từ năm 2006, Hệ thống thông tin (trường ĐH CNTT) tuyển sinh từ năm 2008. Các chương trình này đang được áp dụng giảng dạy ở những trường đại học có uy tín trên thế giới, đặc biệt ở các nước phát triển.

Từ năm 2006- 2014, ĐHQG-HCM đã tuyển sinh và triển khai đào tạo chương trình đào tạo tiên tiến với quy mô đào tạo (tính đến năm học 2012-2013):